La città di San Gimignano vanta numerosi musei che rievocano il suo percorso storico, culturale, scientifico e artistico. Il Palazzo Comunale nel suo interno ospita la sede storica dei Musei Civici. Realizzato tra il 1289 e il 1298 sui resti decadenti di un edificio preesistente e sviluppato un pò alla volta tra il ‘300 e il ‘400 il Palazzo era un’antica dimora del Podestà ed era il luogo in cui si riuniva il consiglio pubblico. All’interno, la Sala di Dante o Sala del Consiglio decorata con affreschi a tema cavalleresco e la Pinacoteca che custodisce alcune opere che vanno dal XIII al XVII secolo. Il Palazzo permette di accedere alla Torre Grossa la cui splendida veduta abbraccia il Monte Amiata.
La Pinacoteca ripercorre le tappe fondamentali del periodo storico che ha segnato il territorio di San Gimignano. Seguendo una scala cronologica il percorso inizia con la fine del ‘200 e le opere senesi e fiorentine di Rinaldo, Coppo di Marcovaldo e di Azzo di Masetto. Segue la seconda metà del ‘300 dove emergono i nomi di Memmo di Filippuccio, Lippo Memmi e Niccolò di Ser Sozzo. A procedere, le opere senesi e fiorentine realizzate a cavallo tra il ‘300 e il ‘400 in particolare quelle di Taddeo di Bartolo, Lorenzo di Niccolò e chiude la cronologia un affresco del Sodoma dei primi anni del ‘500 e la celebre pala del Pinturicchio del 1511.
Il Polo museale ha sede nell’ex conservatorio di Santa Chiara, ospita al piano inferiore il Museo Archelogico e la Spezieria dello Spedale di Sanata Fina, e al secondo piano la Galleria d’Arte Moderna e Contemporanea dedicata a Raffaele De Grada. Il Museo Archeologico espone reperti del periodo etrusco, romano e medievale e una collezione medievale degli usi e dei costumi sangimignanesi e le tecniche impiegate per la produzione di oggetti realizzati in ceramica e in vetro.
Nella piccola chiesa di San Francesco il Museo Ornitologico del XVI secolo raccoglie la collezione della marchesa Marianna Panciatichi Ximenes d’Aragona Paolucci. L’intera raccolta consta di 371 esemplari la maggior parte dei quali provengono dalla tenuta del Monte a metà strada tra San Gimignano e Certaldo.
Ospitato nell’antico dormitorio dei Cappellani, nel lato sud di Piazza Pecori il museo propone arredi liturgici e opere che vanno dal XIII al XIX secolo. Comprende lastre tombali e frammenti marmorei che risalgono al XIV e XV secolo, un altare in pietra del X – XI secolo, tele, sculture, bassorilievi, articoli in argento e tessuti.
Il Museo occupa una superficie di 800 mq e 10 gallerie. Dedicato a San Gimignano e ai suoi abitanti offre informazioni relative alla città e alla sua produzione artistica, architettonica, storica e culturale che l’hanno resa Patrimonio dell’Umanità.
Ospitato nel Villa della Rocca di Montestaffoli, il Museo offre informazioni sulla produzione vinicola del territorio. Fotografie, il suono del vino mentre fermenta o l’odore della Vernaccia offrono al visitatore un percorso stimolante e coinvolgente.
Ubicato nei pressi di Porta San Giovanni e unito al Museo della Pena di Morte, il Museo della Tortura espone gli strumenti e i congegni inquietanti di tortura adottati nel Medioevo, gli strumenti della pena di morte e i documenti della Santa Inquisizione.